A estrutura de Bio-Manguinhos é reformulada, incorporando a Vice-diretoria de Desenvolvimento Tecnológico (VDTEC), com foco em atividades próprias de DT. Dessa forma, o Instituto dá um importante passo para desenvolver sua área de pesquisa e inovação, com o objetivo de alcançar novos produtos por meio do conhecimento autóctone.
Finalizado o ciclo de produção nacional da vacina Hib, cuja transferência tecnológica iniciou, em 1999, com a GlaxoSmithKline: foram produzidos três lotes de consistência do produto, utilizados para os estudos clínicos de não inferioridade. Com isso, a produção passa a ser integralmente feita em Bio-Manguinhos, garantindo a autonomia no fornecimento desse imunizante.
Bio-Manguinhos obtém a certificação em Boas Práticas de Fabricação (BPF), junto à Anvisa, para todas as vacinas e diluentes. Uma importante chancela que atesta a qualidade dos produtos dessa linha. No ano seguinte (2006), o Instituto obtém a mesma certificação, mas para produtos de diagnóstico de uso in vitro.